In den allermeisten Fällen ist der Erreger Escherichia coli, der aus der Darmflora in die Harnwege gelangen kann, Auslöser einer Blasenentzündung (Zystitis). Wesentlich seltener verursachen Bakterien wie Staphylococcus saprophyticus oder Klebsiellen Blasenentzündungen. Haben sich diese Erreger erst mal in den Schleimhäuten der ableitenden Harnwege – dazu zählen Harnleiter, Harnblase und Harnröhre – eingenistet, wird eine komplexe Entzündungsreaktion in Gang gesetzt.